- Lab Dasar-Dasar Ilmu Tanah
- Lab Fisika Tanah dan Konservasi
- Lab Kimia Tanah dan Kesehatan Tanah
- Lab Bioteknologi dan Bioremediasi
- Lab Sumberdaya Alam dan Reklamasi
- Lab Sistem Informasi Geografi
- Kebun Praktek Fakultas Pertanian
- Stasiun Penelitian Lahan Topografi Karst UPNVY di Pacarrejo Kec. Semanu
- Lab. X-Ray Diffraction (XRD)
- Laboratorium Terpadu UPN
- Museum Geoteknologi dan Mineral