Laboratorium di Program Magister Ilmu Tanah diantaranya:

1. Laboratorium Fisika Tanah dan Konservasi
2. Laboratorium Kimia dan Kesuburan Tanah
3. Laboratorium Biologi Tanah dan Lingkungan
4. Laboratorium Sistem Informasi Geografi
5. Laboratorium Sumberdaya Lahan

Fasilitas lain yang dapat digunakan diantaranya:

1. Kebun Praktek  Fakultas Pertanian
2. Stasiun Penelitian Lahan Topografi Karst UPNVY di Pacarrejo Kec. Semanu
3. Laboratorium X-Ray Diffraction (XRD)
4. Laboratorium Terpadu UPN
5. Museum Geoteknologi dan Mineral